在4 d组学
TIMS增加了第四维度的分离
基于质谱(MS)的蛋白质组学已经成为鉴定和定量成千上万种蛋白质的强大技术。然而,由于目前的质谱仪的速度、灵敏度和分辨率有限,对完整蛋白质组的覆盖仍然非常具有挑战性。
timsTOF Pro使用了并行累积序列碎片(PASEF®)获取方法,提供了极高的速度和灵敏度,以达到新的深度的散枪蛋白质组学和磷蛋白质组学,使用低样本量。
捕获离子迁移谱(TIMS)是一种气相分离技术,除了HPLC和质谱外,它还增加了分离的维度,解决了样品的复杂性,提高了化合物表征的峰容量和可信度。同样重要的是,TIMS装置还可以用于积累和浓缩给定质量和流动性的离子,从而在增加分离维度的同时,实现了灵敏度和速度的独特提高。
实现散弹蛋白质组接近100%的占空比
现在,双TIMS技术可以实现接近100%的高灵敏度、高速散弹枪蛋白质组学占空比。这种新型设计允许离子在前段积聚,而后段离子则根据离子迁移率顺序释放。这个过程被称为并行累积串行碎片(PASEF)®.
第二代双TIMS分析仪是优化霰弹枪蛋白质组学的需要。由于其独特的几何形状,离子根据其流动性从TIMS分析仪的第二部分释放,而进一步进入的离子可以在TIMS分析仪的第一部分平行积累。采用并行积累技术,占空比接近100%,离子损耗几乎为零。
在timsTOF Pro中,采用了先进的分段四极质量滤波器,以提高离子的传输和隔离效率。四极质量位置与特定离子从TIMS分析仪的洗脱时间同步。由于其超高质量位置切换时间(< 1毫秒),它使PASEF具有最佳性能®方法。
考虑到速度,布鲁克的专家重新设计了MS/MS技术,以满足shotgun蛋白质组学的要求。肽离子采用捕获离子迁移谱法分离,洗脱(~ 100 ms), QTOF检测,生成TIMS ms热图。在PASEF®方法采用同样的TIMS分离方法,四极杆在洗脱过程中分离一定的离子,并立即转移到下一个前体。母谱和碎片谱按迁移率值排列。并行累积串行碎片(PASEF)®>技术可实现100hz测序速度。与PASEF®方法对低丰度多肽进行多次筛选,可提高其质谱质量。
PASEF®:完美适合猎枪蛋白质组学
timsTOF Pro由PASEF提供动力®提供测序速度>100赫兹而不失去灵敏度或分辨率。这是通过同步四极分离质量窗口与特定肽包从TIMS漏斗的洗脱时间来实现的。
唯一PASEF®启用质谱仪
Bruker于2016年推出了TIMS(捕获离子迁移谱法)技术,作为一项革命性的离子迁移技术,在极其紧凑的设备中实现了前所未有的离子迁移分辨率。第二代双TIMS分析仪现在实现PASEF®该技术为霰弹蛋白质组学的速度、灵敏度和分辨率设定了新的标准。
坚固耐用,无需清洗
许多用于散弹蛋白质组学的质谱仪器在每天24小时大样本队列运行时,需要每两周或每个月清洗一次,即使在更短的时间内,性能也会明显下降。timsTOF Pro优越的稳健性意味着仪器可以在许多天或数周内24/7运行,没有明显的灵敏度损失或其他性能指标。
timsTOF Pro允许在测序速度超过100 Hz的情况下,以最小的样品负载(<200 ng)分析数百个样品。所有这些都与蛋白质组学的深度一致。这改变了蛋白质组学的研究方式,但同时也释放了一种新的约束——数据分析。现代研究人员必须用timsTOF Pro处理数以百计的信息密集内容样本。对于大多数管道来说,这在数据分析步骤中造成了瓶颈。Bruker通过引入名为PaSER (Parallel database search Engine in real-time)的实时数据库搜索功能创新了这一步骤,它消除了数据分析的障碍。使用PaSER,一旦LC-MS运行完成,结果就在手边或运行并完成。
MaxQuant/Perseus和PEAKS Studio数据处理
开放文件数据格式允许研究人员直接使用原始数据和行业领先的软件。MaxQuant已被用于管理空间中的4维(4D)特征,包括保留时间、离子迁移率、
质量和信号强度,有利于多肽、蛋白质和翻译后修饰的鉴定和定量。PEAKS Studio将从头测序与传统的数据库搜索相结合,并对timsTOF原始数据的处理进行了优化。
prm-PASEF®:实现高通量、高灵敏度的靶向蛋白质组学
实现高通量、高灵敏度的靶向蛋白质组学。的prm-PASEF®为了充分发挥并行累积序列碎片(PASEF)的优势,提出了一种新的采集方法®)目标蛋白组学领域的获取策略。
原代分泌胰岛素胰腺β细胞的蛋白质组学研究
集成离子迁移率与timsTOF Pro上的扭曲速度MS/MS采集相结合,为深入了解β细胞生理学和潜在的糖尿病新靶点途径铺平了道路。
高通量4d蛋白组学™- dia-PASEF的应用®和evocsep One用于短梯度
timsTOF Pro提供了两种独特技术的组合,即捕获离子迁移谱(TIMS)提供的第四维度,以提高离子分离和灵敏度和平行积累串行碎片(PASEF)®)
提高离子利用率和数据采集速度。
“我们现在知道,当从两个维度(保留时间和m/z)分析肽混合物时,它们仍然非常复杂。原则上,再增加一个维度会让我们取得很大进展。除了额外的分离维度,timsTOF Pro使我们以极高的速度和灵敏度深入蛋白质组,使用更少的样品材料。”
仅供研究用途。不用于临床诊断程序。