pro 2

基于质谱（MS）的蛋白质组学是鉴定和定量数千种蛋白质的首选方法。但是，由于当前质谱仪的速度，灵敏度和分辨率有限，蛋白质组织的完整覆盖范围仍然具有挑战性。

pro 2的timstof Pro 2使用平行的累积序列碎片（Pasef^®）采集方法提供极高的速度和灵敏度，仅需要最小的样本量才能达到蛋白质组学的新深度。

捕获的离子迁移率（TIMS）是气相中首先是一种分离技术。除了高性能液相色谱（HPLC）和质谱法外，这可以通过分离的增加维度解决样品复杂性，从而增加了峰值容量和对复合表征的置信度。

同样重要的是，TIMS设备还积累了给定质量和迁移率的浓缩离子，从而实现了灵敏度和速度的独特提高。

通过双TIMS技术促进前部的积累，可以实现接近100％的占空比，而后部的离子则根据其迁移率依次释放。平行积累序列碎片的过程（Pasef^®）启用碰撞横截面（CCS）分析。

启用CCS的分析从更大的复合识别确定性到自信的图书馆匹配和较低的错误发现率（FDR）开辟了许多进一步的分析可能性。

使用我们的最新一代TIMS分析仪和完全重新设计的不锈钢堆叠环离子指南（SRIG）引入TimStof Pro 2质谱仪。新设计可提供3倍的离子容量。一种用于离子预先调节和改进离子将四极的离子冷却多极以及进一步的简化离子光学元件，以从TIMS细胞到TOF分析仪的更有效的离子转移，进一步最大化离子传递和MS/ Pasef MS// Pasef MS/ Pasef MS/ Pasef多发性硬化症。

TIMS单元的独特设计意味着离子是根据TIMS分析仪的第二部分释放的，具体取决于其迁移率，而进一步的传入离子可以在TIMS分析仪的第一部分并行积累。
这种平行的积累技术实现了近100％的占空比，几乎没有离子损失。

Redesigned MS/MS technology to meet the speed requirements of proteomics. Peptide ions are separated using trapped ion mobility spectrometry, eluted (~ 100 ms) and detected in the quadrupole time of flight (QTOF), generating the TIMS MS heat map. In the parallel accumulation serial fragmentation (PASEF^®)方法使用相同的商旅分离:作为drupole isolates a certain ion species during its elution and immediately shifts to the next precursor. Parent and fragment spectra are aligned by mobility values.

Pasef^®技术可以实现> 100 Hz的测序速度，并且可以通过选择几次来提高低丰富肽的MS/MS光谱质量。

Pasef^®: the perfect fit for shotgun proteomics
The timsTOF Pro 2 powered by PASEF^®offers a sequencing speed of >100 Hz without losing sensitivity or resolution. This is achieved by synchronizing the quadrupole isolation mass window with the elution time of the specific peptide packages from the TIMS funnel.

需要最小的清洁
许多用于蛋白质组学应用的MS仪器需要每天24小时在大型样品队列上运行时每月清洁。性能退化是

在较短的时间段甚至更短的时间内。TimStof Pro 2的出色鲁棒性意味着可以在数周内24/7运行该仪器，而不会明显丧失灵敏度或其他性能指标。

PASER（实时并行搜索引擎）是一种组合的硬件和软件解决方案，可实现完全集成的实时数据库搜索和基于结果的样本队列管理。

PaSER delivers results with uncompromising speed, including PTM searches. By utilizing GPU based searches, PaSER delivers the same results in real-time or offline mode without the need to utilize simplified algorithms or intermediates. This uncompromised search speed of PaSER allows you to have results on hand, seconds after the acquisition ends, Run & Done! PaSER effectively removes the data analysis bottleneck introduced by large sample cohorts and greater throughput.

此外，还可以在Paser获得的数据集中进行实时LFQ定量，从而使该过渡为定量蛋白质组学瞬时。使用TIMS的迁移率偏移质量对齐（MOMA）特征的可视化使用户可以立即识别和表征仅由4D-omics可见和可识别的同位和近异构肽。

DIA-PASEF比传统DIA方法更敏感和选择性，因为它将PaseF原理应用于数据无关的获取，将DIA的优势与Pasef的固有离子效率相结合。

TIMS separation increases selectivity, excludes singly charged precursors from fragmentation and cleans up the sample by concentrating signals from noise.

DIA-PASEF利用分子量和CCS编码信息的CCS编码信息，可实现最自信的化合物识别。在整个LC-MS/MS DIA-PASEF中，创建一个完美的数据Cuboid，其中包含M/Z，离子迁移率（CCS），保留时间和强度。

With the robust SRIG (Stacked Ring Ion Guide) configuration and new optimized standard dda-PASEF methods timsTOF Pro 2 provides unprecedented depth of proteome coverage in single shot proteomics. From inhouse HEK tryptic digests of 200 ng in 60 minute gradients using an Aurora-25 cm columns, more than 7000 protein groups and 60,000 peptides were identified.

因此，timstof pro 2通过数据库搜索和匹配在运行之间，无需任何光谱库提供了直接通过数据库搜索和匹配的日常细胞系蛋白质量化实验的深入蛋白质组覆盖范围。不同的数据库搜索策略导致了非常可比的结果。Paser，可以实现实时蛋白质鉴定和最大的蛋白质鉴定，从而在蛋白质和肽水平上都产生了相似的ID数。

与标准选择的和平行的反应监测（SRM和PRM）相比，PRM-PASEF增加了可以以单个采集方法靶向的肽的数量，而不会损害选择性或敏感性。

Targeted mass spectrometry (MS) is a powerful technique that is used in proteomics experiments – to verify biomarker candidates in large sample cohorts, for example. This increases sensitivity compared to data dependent acquisition (DDA) and data independent acquisition (DIA). This technique is limited by a necessary compromise between the number of targets measured in a single run, the duration of the liquid chromatography separation stage and the overall sensitivity. It is only possible to achieve complete data for a large number of targeted peptides either by running longer chromatography separation or compromising on MS sensitivity and selectivity.

PRM-PASEF通过使用Bruker的TimStof Pro 2从分离的第四维中受益，从而增加了可以在单个采集中靶向的肽数量，从而提高了选择性和敏感性，从而增加了PaseF的速度以增加前体目标的数量。

使用低样品量的蛋白质组定量对于越来越多的生物学应用，例如专业细胞，稀有细胞群或细针吸入肿瘤活检至关重要。使用敏感质谱仪对这种低样品量的蛋白质组定量至关重要。从30分钟的Aurora-25 cm柱上测量的20 ng HeLa（Pierce）肽，Paser - 实时搜索引擎 - 鉴定了4200多个蛋白质基团，接近30,000个肽。

使用标准DIA-PASEF方法的数据独立采集可在多个运行中提供可重复的识别。三种不同的DIA-PASEF窗口方案允许使用Aurora-25cm列在60分钟的梯度中定量接近8000个蛋白质组和70,000多个肽序列，同时证明了定量精度。

CCS-enabled quantification of proximal phosphorylation sites
The high sensitivity, sequencing speed and reproducibility of dia-PASEF on the timsTOF Pro 2 even enables quantitative phosphoproteomic analyses of limited sample amounts. Label-free quantification of phosphoproteomes is feasible from as little as 25 μg of total protein obtained from mouse brain samples. dia-PASEF analysis of enriched phosphopeptides using a 30 SPD (samples per day) Evosep method resulted in the identification of up to 4473 unique phosphopeptides across three enrichment replicates. These results hold further promise for the application in needle biopsies, complementing cancer proteogenomics data with information on signal transduction. Results are provided courtesy of Prof. Stefan Tenzer.

分析样品量有限的细胞信号传导
在色谱共同排列时，在没有CCS信息的传统蛋白质组学方法中，由于等质性质和信号叠加层而无法进行磷酸肽（P肽）异构体的定量。如右图所示，来自标准150μgTiO2的富集工作流程的PASEF分析可识别27,768个磷酸肽，并揭示了离子迁移率分离及其迁移率偏移质量（MOMA）的好处。从1946年确定的共同洗脱异构体，可以通过TIMS完全分离20％，从而可以更好地了解近端蛋白质磷酸化位点。