4 d-proteomics™

timsTOF Pro和timsTOF fleX的离子迁移率维度的增加比灵敏度、选择性和质谱/质谱采集速度的提高带来了更多的好处。独特的时间设计允许重复测量所有检测离子的碰撞截面(CCS)值，这些可以用于进一步提高系统的选择性，使从复杂样品和短梯度分析中获得越来越可靠的相对定量信息。

DIA是目前应用最广泛的解决价值缺失问题的收购策略。然而，使用它需要构建光谱库——当涉及到不常见的生物时，这可能是及时的和困难的——而且传统的DIA方法太慢，不能与短梯度分析兼容。在这种情况下，PASEF-LFQ提供了速度、灵活性和可靠性。尽管如此，即使使用> 100Hz MS/MS，某些肽可能不会在每次分析中被选择用于片段化，特别是在使用短梯度时。

已经开发了运行之间的匹配(MBR)方法来解决这个缺失值的问题。MBR提取所有肽的强度信息，并使用窄m/z和保留时间窗口进行量化。这种滤波器的组合，以前被认为不够具体，导致不准确的比率测量。4D-MBR在前m/z和保留时间上增加了一个额外的CCS过滤器，如我们的应用说明所示，允许更大的特异性151年质．

DIA与PASEF的结合^®允许补偿传统的DIA缺陷:通过在连续的tims事件中使用m/z隔离窗口模式，在DIA - pasef中使用的离子百分比bob综合客户端app^®可以大大提高(对于低复杂度的样本达到100%，对于高复杂度的样本，仍然比使用类似隔离窗口大小和m:z范围的传统DIA方法高5倍)。的dia-PASEF^®可以减少循环时间，使其与短梯度分离兼容，同时保持较高的选择性。它得益于timspace浓度效应，允许增加灵敏度，并将DIA选择性提高到下一个水平，完全4d蛋白质组学™支持。

dia-PASEF^®数据现在可以使用OpenSwath & MOBI-DIK或bioognosys的Spectronaut软件进行处理。通过阅读我们的申请说明了解更多157年质和160年质．