蛋白质定量

非靶向蛋白质定量的典型挑战是循环时间（定义色谱峰分辨率），选择以确定肽量（选择性）和系统敏感性（量化低丰度化合物）的离子的唯一性。基于MS的方法提供了全面的定量结果，但重叠离子降低了这些工作流的选择性。基于MS/MS（DIA）定量以降低灵敏度的成本提供了极好的选择性。

Tims-Pasef^®基于无标签的定量（Pasef^®-LFQ) combines the best of both approaches. TIMS provides both an additional dimension of separation, greatly increasing selectivity, while the preconcentration effect of the TIMS cell provides greater sensitivity. The PASEF^®与传统的DDA方法相比，周期时间与狭窄的纳米-UHPLC峰兼容，而其速度（> 100 Hz MS/MS）极大地提高了父离子选择的可重复性。
In this case, the timsTOF Pro’s unique 4D-MBR approach allows to overcome the missing value problem with an unprecedented sensitivity.

在某些情况下，高度复杂的样品或短梯度分析，100 Hz MS/MS的补充速率不足以重复可重复选择相同的离子，而不是大量分析

在这种情况下，可再现的碰撞横截面确定（迁移率）使运行（MBR）之间的4D匹配能够最大程度地利用从标签的免费定量实验中量化的蛋白质数量，同时维持高吞吐量样本分析的最高置信度。最新的峰和最大版本支持4D-MBR方法。阅读我们的相应LC-MS154 application note。

Stepping into the future: introducing dia-PASEF^®
对于数据独立获取（DIA），DIA-PASEF^®leverages the correlation between molecular mass and mobility to target the densest peptide region. The extra dimension results in increased selectivity, increased sensitivity and shorter cycle times. For more information on how dia-PASEF^®推动4D-Pototomics™的极限，请阅读我们的LC-MS157 application note。

最大数据处理
麦克奎特（Maxquant），受欢迎的，功能强大的开源软件完全支持Pasef^®-LFQ数据启用高级定量，可视化和报告。

高级软件支持
现在，越来越多的高级蛋白质组学处理软件包直接读取原始数据：这包括天际线，基因数据，完整的蛋白质指标套件，吉祥物蒸馏器

峰值数据处理
山峰工作室是由高性能feature extraction from tims data files, obtaining high quality results in peptide-based protein identification, label-free quantitation and DeNovo sequencing. Multiple sophisticated visualization and exporting capacities allow users to review, share or refine results from multiple proteomics analyses.

Biognosys data processing
Biognosys offers a complete suite of next-generation proteomics software products. Spectronaut software aims at analyzing large-scale data-independent acquisition proteomics experiments and fully supports dia-PASEF^®data using both library-based and library-free processing. PASEF^®数据处理在Biognosys的光谱软件中得到了充分支持。

Timstof Pro的独特能力能够提供数千种注射量与增强的LFQ性能相结合的可持续性能，使该系统成为高通量临床研究的理想平台。

数据处理是蛋白质定量和PASEF的关键^®-LFQ方法已经得到了一些最强大的软件套件的支持。