- Bruker Paser™2022软件现在具有DIA-PASEF的TIMS DIA-NN处理®
- DDA-PASEF和DIA-PASEF库的创新TIMSCORE，与TIMS DIAN相结合，鉴定了200 ng K562裂解物的〜9000个蛋白质组，仅35分钟
- TIMSCORE进一步将磷酸肽检测增加〜25％
查尔斯顿，南卡罗来纳州 - （商业资讯） - 在我们hupo，布鲁克公司（NASDAQ：BRKR）宣布了其针对高通量，深度和无偏见的4D蛋白质组学工作流程的TIMS DIA-NN软件。现在，它具有新型的Timscore算法，该算法利用机器学习（ML）来预测胰蛋白酶和磷酸化肽的CCS值。使用TIMSCORE，即使传统搜索算法无法分配肽光谱匹配，由于搜索空间中的预测CCS值是指调用最可能的分配的预测CCS值，这嵌合干扰。这些功能现在可以在基于GPU的Paser 2022软件发布，建立在2021年获得的IP2软件资产上。
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启用CCS的目标（蓝色） /诱饵（红色）搜索的3D框图。额外的三维降低了蛋白质识别的歧义，并可以更精确，更准确地验证肽 - 光谱匹配（照片：商业电线）
丹尼斯·特雷德博士Bruker Daltonics的生物信息学计划经理解释说：“我们开发了一种肽CC的变压器模型，该模型是从ML训练组中的数十万个胰蛋白酶和磷酸化的肽，包括双重，三倍和四倍电荷状态。该模型导致胰蛋白酶肽的预测准确性为95％，磷酸化的胰蛋白酶肽（最普遍的PTM）具有95％的预测精度，生物学意义最为普遍。然后，我们与已发布的数据集（Ogata等人）合作，可以将鉴定的肽数量从42,930增加到98,949，并且比最初发表的近3.5倍。Timscore库为Dia-Pasef工作流程奠定了基础，以更深入地进入蛋白质组，并以更多的序列和PTM覆盖范围，所有这些都规模缩小，并具有吞吐量和出色的灵敏度。”
Markus Ralser博士教授，爱因斯坦（Einstein）的生物化学教授，德国柏林Charité，以及Dia-NN的共同发明家之一，他说：重点确实很有意义。它简化并加速了在非常短的梯度中识别和量化数千种蛋白质。我们很高兴在我们与供应商集成版本Tims Dia-NN的Bruker密切合作中，现在成为Paser BioInformatics平台的一部分。”
罗宾公园博士，Bruker的蛋白质组学生物信息学架构师补充说：“由于我们的DL训练模型还融合了磷酸肽数据，因此TIMSCORE在数据集中平均增强了磷酸化PSMS和肽的鉴定，平均为61％。更令人鼓舞的是使用严格的5％FLR截止值鉴定出的磷酸肽数量有57％。PTM的位置定位由于不稳定，化学计量或其优先解离而困难，并且随着更多的培训数据可用，我们将为TIMSCORE算法添加更多的PTM。”
Paser 2022包括用于处理DIA-PASEF工作流程的Timscore算法和TIMS DIA-NNtimstof pro 2，timstof scp， 和Timstof Flex系统。PASER利用相同的数据流机制实时MS进行DIA-PASEF工作流程，从而可以在收购运行结束时触发光谱库搜索，从而支持高通量4D蛋白质组学工作流的“运行和完成”。
参考：
Demichev，NAT方法。2020年：https://dx.doi.org/10.1038%2FS41592-019-0638-X
Demichev，Biorxiv 2021：https://doi.org/10.1101/2021.03.08.434385
Ogata K，Chang CH，Ishihama Y（2010）。磷酸化对离子迁移率光谱中肽离子碰撞截面的影响。质谱（东京）；doi：10.5702/massspectrometry.a0093。
关于布鲁克公司（纳斯达克：BRKR）
布鲁克（Bruker）使科学家能够做出突破性的发现，并开发新的应用，以改善人类生活的质量。布鲁克的高性能科学仪器以及高价值的分析和诊断解决方案使科学家能够在分子，细胞和微观水平上探索生命和材料。bob综合游戏与我们的客户密切合作，Bruker正在实现创新，提高生命科学分子和细胞生物学研究，应用和制药应用，显微镜和纳米分析以及工业应用方面的生产率和客户成功。bob娱乐平台Bruker在临床前成像，临床现象学研究，蛋白质组学和多组学，空间和单细胞生物学，功能结构和凝结生物学以及临床微生物学和分子诊断中提供了分化的高价值生命科学和诊断系统和解决方案。请拜访www.energie2point0.com。
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