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新的4D代谢组学和4D脂质组学工作流程、库和基于ML的CCS预测工具,用于转换代谢组学和脂质组学

2021年6月21日
  • 新的VIP-HESI离子源将分析流程4D-Metabolomics、4D-Lipidomics和小分子定量筛选工作流程的灵敏度提高了10倍以上
  • 为timsTOF平台引入新的METLIN-4D大型4D代谢组学CCS库
  • 未知代谢物CCS预测Pro软件的机器学习集成
  • MetaboScape和TASQ 2022软件中支持ccs的新的4D工作流程,包括减少假阳性识别的4D- lipidomics工具

马萨诸塞州比勒里卡——(商业通讯)——在布鲁克的虚拟4D代谢组学上™ 超越研讨会(eXceed symposium 4D-Metabolomics 2021 | Bruker),布鲁克公司on(Nasdaq:BRKR)今天宣布推出新的VIP-HESI离子源,以显著提高灵敏度,并推出新的集成软件工具,以提高对4D代谢组学和4D脂质组学工作流程的信心。

本新闻稿以多媒体为特色。请在此处查看完整新闻稿:https://www.businesswire.com/bob体育竞技风暴news/home/20210621005354/en/

timsTOF Pro 2和VIP-HESI来源(照片:商业通讯社)

timsTOF Pro 2和VIP-HESI来源(照片:商业通讯社)

火热的VIP-HESI离子源通过有效的去溶剂作用,使灵敏度提高了16倍,使所有小分子应用都有了新的应用。VIP-HESI源可以连接到新的传感器timsTOF Pro 2增强4D代谢组学和4D脂质组学灵敏度的平台。它还与高性能影响二世QTOF系统用于提高食品、环境、法医和制药应用中农药、药物和药物代谢物的定量分析,提高灵敏度,允许检测低水平污染物。

布鲁克的合作者通过测量碰撞横截面(CCS)在4d代谢组学方面取得了重大进展。的梅特林-4D库利用TIMS/PASEF方法提供准确的CCS值。Scripps的Gary Siuzdak教授在已建立的METLIN图书馆内扩展了基础设施,该图书馆为超过1/20万种化合物生成了世界上最大的MS/MS光谱图书馆。添加METLIN-4D后,在蒂姆斯托夫职业酒店系统将与MS/MS库一起提供,增加了额外的可信度。这允许在timsTOF社区中使用CCS值,通过减少歧义来增加信心,从而减少误报注释。

力量还介绍了CCS-Predict职业,一种预测小分子结构CCS值的优化算法。CCS-Predict职业为未知化合物提供大规模支持CCS的生物信息学。CCS-Predict职业使用机器学习进行正确识别,在小分子工作流程中缩小可能的结构,包括暴露体学和药物代谢物分析。

所有4D小分子工作流程均可在更新的MetaboScape 2022继续革新支持CCS的工作流的软件。4D脂质组学的进一步进展见MetaboScape 2022为便于脂质组学的使用。使用新型显示器显示潜在的假阳性识别,其中CCS值和保留时间确定基于MS/MS裂解结果的识别是否符合脂质的结构。这种正交脂质特性的使用允许更高的结果准确性和更快地验证潜在的脂质生物标记物。

布鲁克还宣布将CCS的价值纳入塔斯克2022通过定量TargetScreener工作流程,在食品和环境样品分析中提供更高的污染物识别准确性。所有这些工具结合起来,可以轻松采用4D脂质组学和4D代谢组学,在生物学和分子水平上提供更完整的见解。

答:VIP-HESI

真空绝缘探头-加热ESI源是一个集成APCI探头的双源。VIP-HESI源与timsTOF系统兼容,适用于低µL/min到mL/min的LC流速。在正离子和负离子模式下,HESI和APCI模式都显示了显著的灵敏度增益。例如,在头发分析中,滥用药物的灵敏度增益平均为x16,这允许创建一个更详细的药物使用时间轴,因为可以提取更小的头发样本长度。

在环境和食品分析中,已证明增益超过x10的另一个应用是,这种改进可以简化样品制备或使新出现的低水平污染物(如PFAS型分子)得以早期检测。在timsTOF系统上使用VIP-HESI也可以使异构体以类似的保留时间洗脱这一强有力的组合使暴露组学研究人员能够更详细地阐明影响人类暴露组的化合物。最后,负离子模式下血浆中的脂质增加了x5。这导致使用4D Lipidomi鉴定出更多独特的脂质具有重要生物学意义的注释。

B.最大的TIMSCCS图书馆梅特林-4D发射

CCS值的测量是整合小分子4D工作流程的最可靠方式。METLIN-4D CCS库是第一个测量10000多种参考化合物CCS的CCS库,可大大提高小分子研究的识别和化合物确认。参考化合物的所有CCS值这些数据是在计算机上测量的timsTOF平台处于正反两种模式。内容可以与Bruker链接MetaoBASE个人图书馆3.0,其中包含来自METLIN化合物库的100000种化合物的MS/MS光谱,增加了化合物注释的可信度MetaboScape 2022.

加利福尼亚州拉霍拉市斯克里普斯研究中心代谢组学和质谱学中心主任加里·斯尤兹达克教授表示:“CCS值为分子添加了一个正交标识符。在timsTOF平台上,所有分析物的CCS值都是“免费”获取的。我们可以使用这些CCS值来增加使用新METLIN-4D库对广泛化合物进行注释的信心。我们将继续向已获取的10000个CCS值添加,并继续e以扩展此库。”

CCCS预测2022年Pro和MetaboScape

MetaboScape 2022是Brukers all-in-one软件解决方案的最新版本,用于支持ccs的代谢组学和脂质组学,并实施了最新的脂质标记建议。4D Kendrick质量缺陷分析与基于动态交叉验证的回归模型的自动离群值检测进行了补充。由无库的基于规则的标注工具标注的脂类,将根据使用3D超平面模型计算的预测CCS值自动进行评级。Bruker代谢组学和脂质组学业务部门经理Lucy Woods博士评论道:“我们的4d -脂质组工作流程利用CCS预测和Kendrick质量缺陷分析,减少了脂质注释的不确定性。这些功能让任何实验室都能轻松采用4d -脂质组学。”

对于其他小分子结构,CCS-Predict职业预测CCS值以帮助注释并减少可能的候选值。

先驱之一在CCS预测使用机器学习,朱教授郑江,代谢组学研究中心主任在上海有机化学研究所(SIOC)指出:“随着CCS预测,最后有可能充分利用CCS注释中的值未知的化合物。这给非靶向代谢组学和脂质组学研究带来了翻天覆地的变化”。

朱正江教授现在正在使用蒂姆斯托夫职业酒店平台继续为机器学习方法构建培训集。他继续说道:“timsTOF Pro是一个非常通用的平台;您可以在一个平台上完成所有应用程序。仪器设计超过市场上的任何其他产品。”

关于布鲁克公司(纳斯达克:BRKR)

布鲁克使科学家能够取得突破性的发现,并开发新的应用程序,提高人类生活质量。Bruker的高性能科学仪器和高价值的分析和诊断解决方案使科学家能够在分子、细胞和微观水平探索生命和材料。bob综合游戏通过与客户的密切合作,布鲁克在生命科学、分子和细胞生物学研究、应用和制药应用、显微镜和纳米分析以及工业应用方面实现创新、提高生产力和客户成功。bob娱乐平台Bruker在临床前成像、临床表型研究、蛋白质组学和多组学、空间和单细胞生物学、功能结构和凝析生物学以及临床微生物学和分子诊断领域提供差异化、高价值的生命科学和诊断系统和解决方案。欲了解更多信息,请浏览:www.energie2point0.com.

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资料来源:布鲁克公司

类别: 新闻稿
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