蛋白质特性

全面的蛋白质和PTMs表征提出了一些挑战，包括最大化序列覆盖率、检测低丰度的修饰肽以及处理特定修饰（如糖基化或磷酸化）遇到的碎片化挑战。

最大化序列覆盖率
从蛋白质产品生产控制到散弹枪实验中的PTM映射，最大化序列覆盖率是必须的。额外的离子迁移率分离和timsTOF Pro的高质量MS/MS光谱@>100 Hz的组合是最大化片段肽数量和蛋白质序列覆盖率的关键。例如，对于抗体或生物类似物药物生产控制，可以使用timsTOF Pro从非常短的10分钟梯度获得重链和高链的100%序列覆盖率。

从蛋白质产品生产控制到鸟枪式蛋白质组学实验中的PTM映射，最大化序列覆盖率是必须的。

最大化MS/MS信息
与共振激发CID不同，四极碰撞单元中的CID产生了更具能量和更全面的碎裂模式。肽序列信息可以直接从磷酸肽MS2光谱中获得。timsTOF PRO还具有为给定前体获取不同碰撞能量的独特能力，在分析糖肽时产生聚糖和肽部分的最佳碎片。