Topspin Python接口

Python是科学界最受欢迎的编程语言。第三方Python软件的官方存储库Python软件包索引(PYPI)包含超过290,000个包装,具有广泛的功能。

Jython的解释器(基于Python 2.7)已成为Topspin的一部分,作为脚本和应用程序开发的标准组件已有20年了。Jython脚本在运行Topspin用户界面的同一Java虚拟机中执行。这提供了许多可能性,但也有一些局限性。

为什么不将Topspin的功能(将NMR光谱处理的标准软件与Python 3脚本和利用所有可用软件包的功能相结合?

Topspin的新型Python应用程序编程接口允许用户从任何Python 3.9+环境中访问Topspin,并且是替代但并未取代已建立的Topspin Jython解释器的替代方法。

新的功能

  • 高级数据分析
  • 数据挖掘
  • 出版质量图像生成


以下功能可用

  • 参数的读写
  • 读取数据向量,峰列表,集成区...
  • 辅助功能,例如NMR数据搜索,数据集在Topspin中显示…
  • 执行任何Topspin命令

数据访问目前仅限于一维光谱。您可以读取整个数据向量,也可以读取选定的零件,例如“ SER”文件中的单个行,或来自2D频谱的列。

在Python编程界面的开发过程中,特别重点是用户友好性。只要有可能,就会使用熟悉的语法。例如,处理参数或将命令发送到Topspin使用与Topspin命令行中键入相同的语法。用于数据访问的接口对于Python和Jython是相同的。这允许为不同用例共享代码。

可用性


Windows和Linux的Topspin 4.1.3包括Python 3.9环境,Bruker Python软件包已预装。文档和示例脚本也可用。

所需的许可证是学术界免费的Topspin处理许可证的一部分。

对于工业bob娱乐平台客户,可以根据需要获得免费的评估许可证。

图1 Topspin作为服务Python 3bob电竞官方网站解释器是独立应用程序。因此,在Python应用程序和Topspin之间桥接的最简单方法是使用网络连接。Bruker实施了Python 3软件包,该软件包连接到Topspin中的嵌入式Web服务。bob电竞官方网站这样,可以从Python脚本读取NMR数据,也可以执行Topspin命令。

图2在80 MHz处吡啶的NMR滴定这是一个Python示例脚本的输出,用于评估使用傅立叶80光谱仪获取的滴定数据。Python脚本使用Topspin API读取数据,并计算KB的滴定曲线和估计值。整个脚本(处理光谱,计算结果并使用numpy生成图像)长约150行。