SRX软件
SRX软件定量分析
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分析
生物成像是一门定量学科
虽然图像本身在视觉上令人印象深刻，并提供定性、描述性的信息，但生物成像更注重定量测量。定量测量使科学家能够测试和检验假设，并进行数据驱动的实验。
定位显微镜在一段时间内生成精确的分子位置数据集。然后使用这些数据创建图像。定位数据允许对样品中的分子位置进行直接定量分析，提供一种与基于图像的技术(如STED和SIM)完全不同的分析类型。
SRX软件中可用的测量类型
SRX软件提供了许多工具，允许用户根据获得的本地化数据的统计分析来执行测量。测量包括空间分布、聚类分析、共定位、分辨率分析、活细胞分析和建模控制数据的生成。
空间分布
检查本地化数据的空间分布的实验是一种基本分析，并且可能是进一步分析的前兆。空间分布测量提供了关于细胞不同区域内定位密度的有价值的信息。比较细胞区域间的定位分布差异或同一细胞区域在不同处理或条件下的差异，可以为了解分子组成提供有用的见解，并为理解分子通路和分子功能提供有价值的推断。用于分析分布的工具包括Ripley’s K, Pair Correlation和Nearest Neighbors。
聚类分析
分子经常形成簇，通过空间分布分析很容易识别。簇的潜在存在通常是假设或假设在实验之前，基于其他光学显微镜模式的发现，如共聚焦。
分子在簇中存在的意义可能与它们的结构作用、功能作用或两者有关。在与细胞条件变化有关的某些情况下，可能会形成簇。在不同的条件下，簇的组成也可能发生变化。簇的形成和组成也可能与其他簇或分子有关(参见共定位)。
聚类分析提供对样本中观察到的聚类的更详细的分析。聚类分析对话框允许用户设置聚类分析的参数，如粒子类型、簇大小和粒子计数，并具有显示功能，以帮助可视化簇形成，并具有各种测量参数，用于查看和输出到.csv或.mat文件。集群可视化也可以显示在主SRX可视化窗口中，并可用于过滤数据。
聚类分析测量包括粒子计数、聚类面积、聚类密度、聚类大小(体积)、质心位置和主成分分析。
Co-localization
共定位是聚类分析和空间分析的自然延伸，允许用户检查不同类型分子的聚类之间的关系以及未形成聚类的分子之间的关系。
群集分析对话框允许用户为不同的聚类类型的分子配置测量。输出显示了共同定位测量，表格数据的图形显示，以及在SRX可视化窗口中显示图像。可以在.csv和.dat格式中输出共定位数据。
共定位测量包括Mander重叠系数、强度相关商、对相关、最近邻、联合直方图和Storm-RLA聚类分析。
Live-Cell分析
活细胞实验经常需要量化粒子或粒子簇(物体)随时间的位置变化。活细胞分析跟踪粒子位移，并显示它们随时间的移动。
然后可以从这些数据生成距离、速度和角度分布直方图，以辅助分析。图形显示和移动图可以输出为图像，表格数据可以输出为.csv和.mat文件。
