猎枪蛋白质识别

一个复杂问题
在一个典型的猎枪蛋白质组学实验中，来自超过100万种蛋白质形态、浓度高达10个数量级的多肽被纳米lc分离，通常使用2小时的梯度。这对质谱仪来说是一个重大的挑战，质谱仪必须检测、分离和分离尽可能多的产生肽。为了获得广泛的蛋白质鉴定信息，添加离子迁移率作为额外的分离维度，有可能显著提高峰值容量。但是，这不能以速度和灵敏度为代价。

TIMS-PASEF^®
TIMS独特的设计使PASEF成为可能^®将浓缩包离子从离子迁移池中洗脱，其宽度为2-5 ms，使ms / ms采集速度>100 Hz，占空比接近100%。因此，额外的分离是在速度和灵敏度提高的基础上获得的，而TOF分析仪允许在所有MS和MS/MS速度下保持超高的MS/MS分辨率。

PASEF的timsTOF Pro^®导致了特殊的蛋白质鉴定性能和分析深度。当与nanoElute nano flow UHPLC和CaptiveSpray离子源结合时，timsTOF Pro可以从200 ng的HeLa细胞消化液中识别超过5000个蛋白质组，梯度分离时间为90分钟。

PASEF^®在猎枪蛋白质组学中增加吞吐量
这种惊人的速度可以用来减少梯度时间并增加吞吐量，同时保持前所未有的分析深度。从按30分钟梯度分离的100 ng Hela细胞消化液中，可以鉴定出近4000个蛋白质组。

TIMS分离带来的显著的灵敏度提高为低浓度样品提供了新的可能性。使用标准PASEF^®方法，加上额外的调整，12ng的Hela细胞消化分离60分钟梯度鉴定超过2900个蛋白质组。

临床蛋白质组学的理想伴侣
PASEF^®最终使临床蛋白质组学成为现实。该系统的速度和灵敏度的结合，可从50 ng的注射中重复识别超过1400个Hela细胞蛋白组，梯度分离5分钟。